Prof. dr hab. Jan Wawrzyniak jest kierownikiem Zakładu Prawa Konstytucyjnego ALK. Koordynuje i inspiruje poczynania badawcze i dydaktyczne współpracowników. Zainteresowania badawcze prof. Jana Wawrzyniaka skupiają się wokół podstawowych zasad konstytucyjnych, wokół konstytucyjnych wartości zawartych w prawie europejskim, wokół ewolucji ustrojowej Polski. Ważnym przedmiotem zainteresowania prof. J. Wawrzyniaka jest także system konstytucyjny Italii oraz zagadnienia prawa porównawczego. Za publikacje afiliowane przy Akademii Leona Koźmińskiego był dwukrotnie nagradzany przez Rektora ALK. Prof. J. Wawrzyniak łączy pracę badawczą i dydaktyczną z aktywnością o charakterze praktycznym. W latach 1996-2006 był doradcą Prezydenta RP. W latach 2001--2006 był członkiem Rady Legislacyjnej przy Prezesie Rady Ministrów. Na pograniczu aktywności naukowej i dydaktycznej znajdowała się praca na stanowisku zastępcy dyrektora do spraw nauk społecznych w Stacji Naukowej PAN w Rzymie (1987--1992). Przez cały dotychczasowy okres aktywności zawodowej (53 lata) łączy pracę naukową z dydaktyką, ostatnio tylko w Akademii Leona Koźmińskiego. Był także wykładowcą na uczelniach zagranicznych, zwłaszcza włoskich (Rzym-LUISS, Uniwersytety w Sassari, Teramo, Cagliari). Prowadził badania naukowe we Francji, Włoszech, Holandii, Czechach i Rosji. Jest członkiem rady redakcyjnej rocznika "Toruńskie Studia Polsko--Włoskie" oraz członkiem rady programowej kwartalnika "Przegląd Konstytucyjny". Odznaczony m.in.: Oficerskim Krzyżem Zasługi Republiki Włoskiej (1996) Krzyżem Oficerskim OOP (2001) Medalem Komisji Edukacji Narodowej (2014)
Jest m.in. autorem następujących publikacji książkowych i artykułowych: