Misją Zakładu Ekonomiki Zdrowia i Zarządzania Ochroną Zdrowia jest prowadzenie działalności naukowej wspierającej dążenie do poprawy zdrowia ogółu społeczeństwa poprzez poszukiwanie optymalnej alokacji zasobów finansowych dostępnych w sektorze ochrony zdrowia.
Nadrzędnym celem Zakładu jest wspieranie procesów decyzyjnych zachodzących w sektorze ochrony zdrowia w oparciu o wiarygodne i rzetelne analizy ekonomiczne. W szczególności w polu zainteresowania Zakładu jest gromadzenie i analiza danych na temat korzystania ze świadczeń zdrowotnych, efektywności ekonomicznej nowych metod leczenia oraz sprawności funkcjonowania organizacji w sektorze ochrony zdrowia.